清水祖师为治病救人,经常到山上采集草药,然后在半岭亭边的大石臼捣药。有老虎受伤了,闻到草药香味,来到石臼舔吃残留的草药,伤就好了。至今还有一首《丹臼》诗,说的就是这件事。诗云:不同玉柞捣元霜,舂得丹成臼亦芳。猛虎似知换骨好,故来石上舔余香。
清水祖师65岁(也有的说是57岁)那年化佛。他化佛时端端正正地坐着,过了三天,神色不变。远近的人们知道后,纷纷赶来瞻仰朝拜,把他的骨灰葬在清水祖殿后,并修建了一座石塔,取名叫“真空塔”,俗称“祖师墓”。
人们为了纪念清水祖师,用沉香木雕刻了祖师神像,至今供奉在大殿中。由于清水祖师祈雨最著名,每次都很灵验,事迹远扬,所以宋朝皇帝一而再、再而三地敕赐封号。宋孝宗封他为“昭应大师”,后又封他为“昭应慈济大师”;宋宁宗封他“昭应广惠慈济大师”,第四次被敕封为“昭应广惠慈济善利大师”。福建、台湾和南洋等许多地方都广泛供奉清水祖师。